Во-первых, проблема таджикской трудовой (в основном нелегальной) миграции в России. Ежегодно в РФ, как известно,  на поиски заработков отправляется по разным подсчетам  от 300 до 500 тыс. таджиков. С российской стороны этот процесс, (де-юре) власти пытаются поставить под правовой и административный контроль, но (де-факто)  миграция и дальнейшая деятельность мигрантов слабо регулируется. Фактически,  продолжает сохраняться внутрироссийская конфликтная зона между местными властями, милицией и таджикскими гостарбайтерами. Президент Э.Рахмонов не раз на официальном уровне высказывал свое недовольство В.Путину, отмечая факты многочисленных нарушений прав граждан Таджикистана в России. Данная проблема касается  приезжих и других национальностей (узбеков, китайцев, вьетнамцев и т.д.), но таджикская проблема была (и отчасти остается) особенно острой в связи многочисленностью самой диаспоры в России.

Во-вторых, наличием у России  крупных, инвестиционных планов в экономику страны. РАО "ЕЭС России"  в свое время подписало соглашение с правительством Таджикистана об условиях долевого участия РФ в проекте завершения строительства Сангтудинской ГЭС, планируя вложить в данный  проект 250 – 300 млн. долл. Существует ряд проектов российской компанией ОАО "Русский алюминий" («Русал») о строительстве Рогунской ГЭС. Одновременно эта компания договорилась о реконструкции Таджикского алюминиевого завода в Регаре и строительстве нового (второго в стране) алюминиевого завода с планируемой мощностью 200 тыс. тонн в год. Таким образом, Россия в  2006 – 2008 гг. при  нормальном течении дел  может инвестировать в экономику Таджикистана около $2 млрд. долл. Причем, только на долю компании "Русал" приходится  проект на сумму более чем на $1 млрд. Правда в последнее время (лето – осень 2006 г.) в Россию приходит все больше сигналов о возникающих препятствиях по реализации проектов «Русал», в частности по Рогунской ГЭС. Таджикская и российская стороны не могут договориться о некоторых параметрах ТЭО плотины, по ее высоте и мощности. Видимо, таджикские коллеги хотели бы видеть ГЭС самой высокой в регионе, а эксперты «Русала предлагают свой, более экономный и рентабельный вариант. Нет также ясного ответа на вопрос: кому и на что ушла часть денег, отправленных в свое время из России в Таджикистан в рамках проектов по Рогунской ГЭС и другим.  Скорее всего, это препятствия технического, а не политического характера, которые могут быть устранены.

В-третьих, функционированием российской военной базы в Таджикистане. Основой для нее послужила 201-я мотострелковая дивизия, подразделения которой были расквартированы, помимо Душанбе, в Курган-Тюбе и Кулябе. Российская база в Таджикистане стала одной из самых мощных в системе безопасности ОДКБ в Центральной Азии. Учитывая, что Россия и Таджикистан в свое время полностью договорились о режиме работы российской высокогорной станции «Нурек» («Окно»), имеющей для Москвы стратегическое значение в сфере космического слежения, можно данный фактор полностью занести в актив партнерства.

В-четвертых, проблема таджикско-афганской границы и безопасность России. Еще  16 октября 2004 г. было подписано специальное соглашение пограничными службами России и Таджикистана о поэтапной передаче охраны границы российскими пограничниками таджикским пограничным отрядам, которая завершилась в 2006 г.  Приход таджикских пограничников, к сожалению, не способствовал усилению борьбы с наркотрафиком, который  к 2006 гг. возрос в 3,5 раза. Местные жители Таджикистана сегодня горько шутят, что теперь граница «поделена» между родственниками и вождями таджикских (афганских) племен, проживающими по обе стороны границы, и каждый ее участок имеет свою цену. Произошла некая «племенная приватизация» основных трансграничных каналов и маршрутов поставок наркотиков. Кому было выгодно, и кто лоббировал с таджикской стороны решение о сдаче российскими  пограничниками участков таджикско-афганской границы, остается большим вопросом. Вряд ли на него когда-нибудь будет получен ответ, кроме озвученных в свое время Душанбе официальными лицами «аргументов» о том, что для России охрана чужой границы слишком «обременительные затраты» и Таджикистан уже сам «способен охранять свои рубежи».  Возможно, что негативные результаты  пограничной «реформы» были услышаны на верху. Президенты России и Таджикистана Владимир Путин и Эмомали Рахмонов 25 мая 2006 г. на встрече в Сочи согласовали сотрудничество в пограничной сфере и программу помощи Таджикистану в становлении погранслужбы этой республики.

Можно сказать, что отношения двух стран строятся сегодня на: а) активном проникновении и заинтересованности крупного российского бизнеса государственных и негосударственных компаний в таджикском рынке э/энергии и алюминия; б) важности военного компонента, имеющего для России, как глобальное, стратегическое  (комплекс «Нурек»), так и  региональное значение – 4-ая база. 

Перспективы развития российско-таджикских экономических связей на конец 2006 – 2008 гг. напрямую будут связаны с продвижением энергетических проектов. В случае их реализации и преодоления нынешних технологических трудностей,  Таджикистан после 2008 г. сможет постепенно увеличивать собственный вес и влияние в отношениях с Казахстаном, Узбекистаном и Киргизией по вопросам электроэнергетики и водопользования. Фактически, российская экономическая активность дает дополнительные возможности Таджикистану позиционировать себя в Центральной Азии по вопросам водопользования, энергетики и других, связанных с ними сфер деятельности, не как периферийное государство, а как достаточно самостоятельный субъект.  Возможно, что новое экономическое качество российско-таджикских отношений будет косвенно способствовать и ослаблению традиционно сложных отношений Душанбе с Ташкентом.

Другое перспективное направление на 2006 – 2008 гг. – сфера политики и безопасности, которая в большей степени, чем сегодня, будет зависеть  не только от собственно российско-таджикских военно-политических связей, но и от дальнейшего развития американо-таджикских отношений. Визит в октябре 2005 г. госсекретаря США К.Райс по Центральной Азии с заездом в Таджикистан, а также визит Э.Рахмонова в США подтверждают намерения американского руководства вернуть Таджикистан в сферу своего политического влияния. Другой вопрос, как будет на эти «заигрывания» реагировать Душанбе. Известно, что американская дипломатия уже давно осторожно зондирует почву для возможности открытия американской военной базы в Таджикистане. Не исключен также и альтернативный вариант развития отношений, когда в условиях обострения афганского кризиса или иранского ядерного вопроса Вашингтон в 2007 – 2008 гг. может усилить давление на Душанбе по вопросу открытия своей базы.

Важным для Таджикистана на ближайшую перспективу, видимо, представляется и развитие военно-политических связей с Индией.  В середине 2006 года на таджикской авиабазе «Айни» был создан индийский учебный центр совместно с Россией. Фактически, это новый российско-индийско-таджикский авиационный проект. Как известно, Индия входит в состав наблюдателей ШОС, одновременно, у нее достаточно много совместных с Россией военных программ сотрудничества, включая и программы в регионе Центральной Азии. Этот новый (неожиданный для наблюдателей) поворот делает возможным развитие трехстороннего сотрудничества России, Таджикистана и Индии как в рамках ШОС, так и на двустороннем (Индия – Таджикистан) уровне.

Несомненно, что сохранится проблема наркотрафика через Таджикистан. Сегодня ни Россия, ни другие государства члены ШОС или ОДКБ не могут справиться с нарко - угрозой в Таджикистане, которая в 2007-2008 гг. может перейти и в новое качество – легализацию части нарко-денег и формирование больших сегментов официальной экономики Таджикистана, связанных с нарко-бизнесом. Этот вызов на сегодняшний день – один из главных вызовов безопасности и для Таджикистана, и для России, и для государств региона Центральной Азии.

На фоне активной российской политики, энергичные шаги Тегерана в Таджикистане  выглядят внешне конкурентными для Москвы. Тегеран, как известно, начиная с 2005г. активно взаимодействует с Душанбе по вопросам инвестиционного сотрудничества по строительству Рогунской и Сангтудинской ГЭС, предложив Душанбе большой инвестиционный пакет на сумму более 120 млн. долл. Кроме элементов конкуренции, существуют и возможности конструктивного сотрудничества России и Ирана в Таджикистане, интересы, которых объективно совпадают в вопросах поддержания и сохранения стабильности в данной стране и регионе. Видимо, желание Душанбе усиливать многовекторный курс – объективный процесс, с которым России придется  считаться.  Для Москвы и Душанбе в условиях сохранения афганской угрозы, которая имеет длительный характер, российско-таджикские отношения в любом случае будут иметь для обеих сторон первостепенное значение, как отношения, сцементированные экономическими интересами и общностью проблем безопасности.